La presidencia
En 1961, Endara figuró entre los militantes fundadores del Partido Panameñista (PaPa). Desde los años treinta, el panameñismo había dado lugar sucesivamente al Partido Nacionalista Revolucionario (PNR) y al Partido Revolucionario Auténtico (PRA), los predecesores del Partido Panameñista. En las elecciones del 10 de mayo de 1964, que colocaron en la Presidencia de la República al liberal Marco Aurelio Robles Méndez, Endara salió elegido diputado suplente, aunque luego solicitó y obtuvo la nulidad de sus credenciales como legislador electo en protesta por el fraude del que habían sido objeto otros compañeros de lista del PaPa.
Cuando su partido llegó al poder cuatro años después, Endara se desempeñó como director general de Planificación y Política Económica, lo cual solo duró diez días. Después del golpe de Estado militar, el Endara integró la lista de perseguidos políticos de la dictadura, viéndose obligado a operar en la clandestinidad. A partir de 1969 comenzó una etapa de constantes exilios que discurrieron primero en la Zona del Canal, en casa de una tía suya que estaba casada con un coronel médico del Ejército norteamericano, luego en Guatemala y finalmente en Miami, después de ser arrestado por la policía política de Torrijos.
Al regresar del exilio, Endara alcanzó en 1979 la Subsecretaría General del PaPa, en 1982 representó al partido en la Comisión Revisora de la Constitución Política y en 1981, en la Convención Nacional Constitutiva del PPA celebrada el 14 de agosto de aquel año en Penonomé, provincia de Coclé, fue elegido subsecretario general del partido.
El PPA acudió a las elecciones generales del 6 de mayo de 1984, primeras democráticas en 16 años, en el seno de la Alianza Democrática de Oposición (ADO), también integrada por elPartido Demócrata Cristiano (PDC) y el Movimiento Liberal Republicano Nacionalista (MOLIRENA). Las elecciones fueron ganadas por la Unión Nacional Democrática (UNADE), encabezada por el Partido Revolucionario Democrático (PRD) fundado por el difunto Torrijos. El nuevo presidente fue Nicolás Ardito Barletta.2
Fue elegido presidente en Mayo de 1989, mediante una Alianza de Partidos Políticos de Oposición (ADOC) con el 62,5% de los votos contra el 24,9% del candidato del Partido Revolucionario Democrático (PRD) que estaba amparado bajo el dictador Manuel Noriega, quien se negó a reconocer su derrota, y mandó a reprimir a Endara y al Primer Vicepresidente electo Guillermo Ford cuando éstos andaban en una caravana proclamando su triunfo. Esto fue una de las causas de la Invasión de Panamá por el Ejército de Estados Unidos en Diciembre de 1989. Fue juramentado como Presidente Constitucional de la República el 20 de diciembre de 1989.3 4
En 1990, fue uno de los fundadores del Partido Arnulfista pero años después se distanció del partido por diferencias de opinión con la Presidenta del Partido, Mireya Moscoso.
Durante su gobierno mejoró la situación económica del país, ya que en 1990 el Producto Interno Bruto cayo -7.5% debido a la crisis económica que dejó la dictadura militar, durante 1992 el PIB creció de 8%. También restableció las instituciones democráticas, impulsó la reforma constitucional que creó la Autoridad del Canal de Panamá5 y creó la Autoridad de la Región Interoceánica.6 7
En 1994, le sucedió el Gobierno el Candidato del PRD Ernesto Pérez Balladares.
En el 2004, postuló para las elecciones como candidato del Partido Solidaridad, obteniendo el 30.8% de los votos y quedando en segunda posición detrás de Martín Torrijos.8
En el 2009 se postuló a las elecciones presidenciales panameñas del 3 de mayo de 2009 en las que sólamente obtuvo 2,38% de los votos válidos expresados (+-34.773 votos). Estos resultados deberían marcar, por lógica, el final de su carrera política al menos en lo que respecta a una eventual postulación como Presidente de la República en 2014.
